@yutang12 可以的 可以自己決定
WGCNA（6）：篩選 hub gene通過前期的分析，我們確定了感興趣的module，但是module中又含有幾十甚至上百的基因，下一步需要進(jìn)一步篩選hub gene。 WGCNA（3）：基因模塊與性狀關(guān)聯(lián)識(shí)別重...
發(fā)簡信
IP屬地：江蘇
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@不會(huì)三分_f882 命令寫錯(cuò)了
9.2 GWAS：關(guān)聯(lián)分析——TASSEL（GLM/MLM/CMLM)
TASSEL是最早出現(xiàn)的用于動(dòng)植物關(guān)聯(lián)分析的軟件，還可以對進(jìn)化模式以及連鎖不平衡進(jìn)行評估，功能非常強(qiáng)大，要說缺點(diǎn)，可能就是真的有點(diǎn)慢。 表型數(shù)據(jù)處理在下面這篇帖子中有介紹，這...
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@Sam_3cbd 標(biāo)準(zhǔn)更嚴(yán)格一些
11.GWAS：確定候選區(qū)間
確定了與表型顯著的SNP位點(diǎn)后，通常會(huì)選擇在顯著性位點(diǎn)所在位置前后，各一定的距離內(nèi)，確定候選區(qū)間，進(jìn)行候選基因挖掘，而這個(gè)距離如何確定？9.5 GWAS顯著SNP篩選及曼哈頓...
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轉(zhuǎn)錄組DEGs聚類熱圖和功能富集分析寫在前面：經(jīng)常做轉(zhuǎn)錄組分析，就是把差異基因搞個(gè)火山圖和Venn圖看各組差異基因的共有和特有情況?？匆娪袀€(gè)比較好的選擇，能直觀比較各種處理帶來的影響，如下： 來自Nature ...
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@請我吃辣條吧 如果是二倍體，那這個(gè)位點(diǎn)不是父本就是母本，可以判斷偏好行
ASE（等位基因特異性表達(dá)） —— 完整流程
前段時(shí)間，接了老師一個(gè)等位基因特異性表達(dá)的任務(wù)，前后再加上其他的分析帶著做，再捋流程，拖拖拉拉也用了小一個(gè)月，終于從原始測序數(shù)據(jù)，得到了最終的那張table，具體的內(nèi)容基本已...
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@對方正在長頭發(fā)_0478 你的意思是區(qū)間估計(jì)嗎？lodint(out.hk, chr=5, drop=1.5) 這個(gè)設(shè)置的是1.5倍LOD區(qū)間，bayesint(out.hk, chr=5, prob=0.95)這是0.95貝葉斯區(qū)間
1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis
R/qtl是一個(gè)可擴(kuò)展的、交互的、用于QTL定位的R包，集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體。特點(diǎn)是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用，使用戶專注于建模而不是計(jì)算。 官網(wǎng)：https://r...
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@對方正在長頭發(fā)_0478 看報(bào)錯(cuò)是數(shù)據(jù)格式的問題，第二行第一列哪里應(yīng)該是空著的，報(bào)錯(cuò)是這個(gè)意思，Rqtl有自帶的示例文件，你可以看一下
1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis
R/qtl是一個(gè)可擴(kuò)展的、交互的、用于QTL定位的R包，集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體。特點(diǎn)是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用，使用戶專注于建模而不是計(jì)算。 官網(wǎng)：https://r...
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@kuangthantine 最嚴(yán)格的應(yīng)該是0.01或者0.05，但是由于物種限制，過于嚴(yán)格的p值無法篩選到snp，因此放松到1
9.5 GWAS顯著SNP篩選及曼哈頓圖繪制
在R中進(jìn)行整理，pmap格式在下面帖子中有詳細(xì)介紹。第一列為SNP的ID，第二列為chr，第三列為SNP的位置，第四列開始為每個(gè)性狀的SNP的P值。9.3 GWAS：關(guān)聯(lián)分析...
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@不熟_4411 按報(bào)錯(cuò)是pmap文件中的p值有錯(cuò)誤，建議檢查一下
9.3 GWAS：關(guān)聯(lián)分析——EMMAX
EMMAX是關(guān)聯(lián)分析速度提升的一個(gè)代表性算法, 已廣泛應(yīng)用于棉花、大豆和水稻等的復(fù)雜性狀關(guān)聯(lián)分析。EMMAX認(rèn)為，每一個(gè)SNP對復(fù)雜性狀的解釋率都很低，每個(gè)組件的方差在運(yùn)算中...
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@DumplingLucky 詳細(xì)可以看這篇文章：https://blog.sciencenet.cn/blog-2577109-1250860.html
9.2 GWAS：關(guān)聯(lián)分析——TASSEL（GLM/MLM/CMLM)
TASSEL是最早出現(xiàn)的用于動(dòng)植物關(guān)聯(lián)分析的軟件，還可以對進(jìn)化模式以及連鎖不平衡進(jìn)行評估，功能非常強(qiáng)大，要說缺點(diǎn)，可能就是真的有點(diǎn)慢。 表型數(shù)據(jù)處理在下面這篇帖子中有介紹，這...
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@DumplingLucky marker-rsq和MarkerR2是一樣的，代表貢獻(xiàn)率；beta和allele effect是一樣，是SNP回歸系數(shù)
9.2 GWAS：關(guān)聯(lián)分析——TASSEL（GLM/MLM/CMLM)
TASSEL是最早出現(xiàn)的用于動(dòng)植物關(guān)聯(lián)分析的軟件，還可以對進(jìn)化模式以及連鎖不平衡進(jìn)行評估，功能非常強(qiáng)大，要說缺點(diǎn)，可能就是真的有點(diǎn)慢。 表型數(shù)據(jù)處理在下面這篇帖子中有介紹，這...
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@麥客天道酬勤 這個(gè)模型是不是考慮的因素太復(fù)雜，常見的可能會(huì)忽略一些小的互作，mod = lmer(Brix ~ Line + (1|Loc) + (1|Year) +
(1|Line:Loc) + (1|Line:Year) , data=dat)，不過具體問題具體分析，要看你的設(shè)計(jì)3.2 GWAS：最佳線性無偏估計(jì)量——BLUE值計(jì)算（多年單點(diǎn)有重復(fù)）
GWAS中使用均值、BLUP值還是BLUE值，鄧飛老師有兩篇帖子進(jìn)行了介紹，鏈接如下，根據(jù)我的數(shù)據(jù)，我選擇了BLUE值。在這里提醒大家，不要一上來就忽略所有warning，很...
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@麥客天道酬勤 通常是把品種作為固定因子的
3.2 GWAS：最佳線性無偏估計(jì)量——BLUE值計(jì)算（多年單點(diǎn)有重復(fù)）
GWAS中使用均值、BLUP值還是BLUE值，鄧飛老師有兩篇帖子進(jìn)行了介紹，鏈接如下，根據(jù)我的數(shù)據(jù)，我選擇了BLUE值。在這里提醒大家，不要一上來就忽略所有warning，很...
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@麥客天道酬勤 https://cloud.tencent.com/developer/article/1445670 鄧飛老師有寫過教程，可參考
3.2 GWAS：最佳線性無偏估計(jì)量——BLUE值計(jì)算（多年單點(diǎn)有重復(fù)）
GWAS中使用均值、BLUP值還是BLUE值，鄧飛老師有兩篇帖子進(jìn)行了介紹，鏈接如下，根據(jù)我的數(shù)據(jù)，我選擇了BLUE值。在這里提醒大家，不要一上來就忽略所有warning，很...
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@renthree 不客氣呢，大家共同進(jìn)步
1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis
R/qtl是一個(gè)可擴(kuò)展的、交互的、用于QTL定位的R包，集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體。特點(diǎn)是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用，使用戶專注于建模而不是計(jì)算。 官網(wǎng)：https://r...
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使用metaCCA進(jìn)行單/多個(gè)SNP與多表型的典型相關(guān)性分析
歡迎來到"bio生物信息"的世界 新年的第一篇更文。 祝大家新春快樂！身體健康！ 18號(hào)回家以后，經(jīng)歷了如下過程。 20號(hào) 喉嚨痛 21號(hào) 喉嚨痛 22號(hào)喉嚨痛 咳嗽 23-...
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QTL上位性分析：QTLNetwork2.0官網(wǎng)：http://ibi.zju.edu.cn/index.html/BCL/software/qtlnetwork/download.html[http://ibi.zj...
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邊界畸形擬合的話，建議重新構(gòu)建模型
3.2 GWAS：最佳線性無偏估計(jì)量——BLUE值計(jì)算（多年單點(diǎn)有重復(fù)）
GWAS中使用均值、BLUP值還是BLUE值，鄧飛老師有兩篇帖子進(jìn)行了介紹，鏈接如下，根據(jù)我的數(shù)據(jù)，我選擇了BLUE值。在這里提醒大家，不要一上來就忽略所有warning，很...
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@Just_Ford 沒有呢 就是一個(gè)最普通的vcf文件
9.4 GWAS：顯著性閾值確定——GEC
常用的顯著性閾值確定方法是：Bonferroni correction = 顯著性水平（0.01/0.05）/檢驗(yàn)次數(shù)（number of detected markers）...
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QTL定位：MapQTL6MapQTL是一款用于分析二倍體物種實(shí)驗(yàn)群體中數(shù)量性狀位點(diǎn)(QTL)的Windows計(jì)算機(jī)程序，對于用戶比較友好，更加便于使用。通過QTL分析，可以檢測基因組上負(fù)責(zé)所研究數(shù)量...