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細(xì)胞基因虛擬敲除-scTenifoldKnk一、背景介紹 一個R/MATLAB/Python軟件包，用于對單細(xì)胞基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)進行虛擬敲除實驗。scTenifoldKnk 是一種機器學(xué)習(xí)工作...
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monocle3擬時分析導(dǎo)讀語 你是否想通過單細(xì)胞數(shù)據(jù)揭示細(xì)胞命運的動態(tài)變化，卻對復(fù)雜的軌跡分析感到無從下手？本文是一份面向生物信息學(xué)初學(xué)者的 Monocle3 擬時分...
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人工注釋細(xì)胞類型單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組人工注釋（manual annotation）是單細(xì)胞RNA測序（scRNA-seq）數(shù)據(jù)分析中的關(guān)鍵步驟，旨在通過生物學(xué)知識對細(xì)胞...
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一文學(xué)會單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的CellRanger（二）前面說了cellranger安裝和一些簡單的使用，我們繼續(xù)看一下cellranger的結(jié)果。一文學(xué)會單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的CellRanger（一） -...
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R包安裝時報錯 package xxx is not available (for R versionXXX)
Warning in install.packages :package ‘STRINGdb’ is not available (for R ...
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單細(xì)胞量化代謝活性-scMetabolism一、scMetabolism的安裝 scMetabolism是一個R包，用于在單細(xì)胞分辨率下量化代謝活性，目前只適用于物種是人的單細(xì)胞數(shù)據(jù)。作者...
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一文學(xué)會單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的CellRanger（一）一、什么是Cell Ranger？ Cell Ranger 是一組分析管道，用于處理 Chromium 單細(xì)胞數(shù)據(jù)，將fastq原始數(shù)據(jù)經(jīng)過比對...
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ChIP-Seq——MAnorm差異分析
一、 MANorm介紹 MAnorm是一個穩(wěn)健的模型，用于定量比較 TF（轉(zhuǎn)錄因子）或表觀遺傳修飾的 ChIP-Seq 數(shù)據(jù)集。MAnorm 使...
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單細(xì)胞免疫組庫VDJ——scRepertoire （四）一、介紹 scRepertoire 旨在從 10x Genomics Cell Ranger 管道中獲取過濾器 contig 輸出，處理該數(shù)據(jù)以...