1. 病情說明： 機制難尋，腸道菌群 這句話足以說明菌群研究的必要性，畢竟很多工作都表明了菌群與疾病、發(fā)育、神經(jīng)等的緊密聯(lián)系。另外，從目前國內(nèi)科研服務相關的企業(yè)的戰(zhàn)略布局來看...
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宏基因組分析（三）humann定量基因家族和通路 -
Kraken2 背后的男人Kraken軟件已經(jīng)出了非常久，所以網(wǎng)上有不少相關資料，因此關于Kraken的解讀基本參考網(wǎng)上的資料+文獻本身。資料來源：http://jackywu.site/techno...
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擴增子測序時代背后大佬的恩怨情仇| UPARSE—力挽狂瀾 微生物群落研究最常用的方案莫過于擴增子研究（16S、ITS等擴增子測序技術），通過擴增群落樣本基因組特定區(qū)域片段，實現(xiàn)對樣本所包含的物種進行分類學...
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距離向量算法_R語言實現(xiàn)46種距離算法安裝請看 https://www.rdocumentation.org/packages/philentropy/versions/0.7.0#Examples[https:...
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SILVA 數(shù)據(jù)庫
sliva rRNA數(shù)據(jù)庫（http://www.arb-silva.de/[http://www.arb-silva.de/]）用來檢查和比對RNA序列，既可以針對16S/...
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下篇-關于Pearson相關性系數(shù)、Cosine相似度、歐式距離參考https://www.zhihu.com/question/19734616[https://www.zhihu.com/question/19734616]
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上篇-關于Pearson相關性系數(shù)、Cosine相似度、歐式距離參考https://blog.csdn.net/sixtyfour/article/details/80354164?utm_medium=distribute.pc_rel...
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Perl 讀取json 數(shù)據(jù)
**JSON (JavaScript Object Notation) 數(shù)據(jù)格式，官方的說法是“一種輕量級的數(shù)據(jù)交換格式。 易于人閱讀和編寫。同時也易于機器解析和生成“。 我...
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Perl 一句話命令
Perl程序一行命令，可以替代grep+sed+awk； 一行式選項-e 表示后面接perl的一行式表達式； -p 表示print操作，即對每一讀入的行在經(jīng)過表達式操作后都默...
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Network motifs 算法簡介
所有網(wǎng)絡，包括生物網(wǎng)絡 biological networks、社交網(wǎng)絡 social networks、技術網(wǎng)絡（例如計算機網(wǎng)絡和電路）等，都可以用圖的形式來表示，這些圖中...
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Network motif 知識點簡介導語 模體（motif）是一個對初涉復雜科學的人來說，相對陌生的概念，但它卻是復雜網(wǎng)絡研究中最有力的工具之一。2002年的 Science 論文“Network Motifs...
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通俗解釋機器學習中的召回率、精確率、準確率通俗解釋機器學習中的召回率、精確率、準確率，一文讓你一輩子忘不掉這兩個詞趕時間的同學們看這里：提升精確率是為了不錯報、提升召回率是為了不漏報 先說個題外話，暴擊一下亂寫博客的...
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UK Biobank 數(shù)據(jù)申請流程UK Biobank 是指通過標準化流程，收集并長期儲存人體生物樣本（如血液和 DNA）及樣本采集對象生理、病理、社會經(jīng)濟信息的資源庫，本質(zhì)上也是一種大樣本的人群前瞻性隊列研...
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UK Biobank 數(shù)據(jù)庫介紹
UK Biobank是目前世界上規(guī)模最大的人類遺傳隊列樣本庫，它收集了50萬名來自英國40-69歲志愿者提供的共1500萬份樣本，旨在研究遺傳因素、環(huán)境因素、生活習慣等與人類...
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R語言宏基因組學統(tǒng)計分析學習筆記
3.4 微生物數(shù)據(jù)組成分析 早在1897年，皮爾遜就警告說，在器官測量中使用兩個絕對測量值的比值，可能會形成“偽相關”。自1920s以來，地質(zhì)學的研究人員已經(jīng)知道，使用標準的...
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16S多樣性測序到底選擇哪些區(qū)域測定
中科院的周寧一老師，2013年在AEM雜志發(fā)表文章（IntragenomicHeterogeneity of 16S rRNA Genes Causes Overestima...