把read比對(duì)到基因組之后,需要提取唯一比對(duì)來進(jìn)行下一步分析。 bowtie2和HISAT2 都沒有只輸出唯一比對(duì)的命令,所以需要對(duì)比對(duì)結(jié)果sam文件進(jìn)行提取,可以通過sam...
把read比對(duì)到基因組之后,需要提取唯一比對(duì)來進(jìn)行下一步分析。 bowtie2和HISAT2 都沒有只輸出唯一比對(duì)的命令,所以需要對(duì)比對(duì)結(jié)果sam文件進(jìn)行提取,可以通過sam...
以下只是我自己學(xué)習(xí)LMM所做的筆記,并不保證完全正確。 基于R的線性混合效應(yīng)模型(linear mixed effects models)分析 why 為什么要采用線性混合效...
R包vegan的Mantel tests Mantel tests是確定兩組距離測(cè)度矩陣(而非兩組變量矩陣)之間相關(guān)性的相關(guān)性測(cè)試方法,用于判斷一個(gè)矩陣中的樣本距離與另一矩陣...
歡迎關(guān)注"生信修煉手冊(cè)"! GATK4 對(duì)于體細(xì)胞突變和生殖細(xì)胞突變的檢測(cè)分別給出了對(duì)應(yīng)的pipeline: Germline SNPs+Indels Somatic SNV...
最近工作中遇到需要比對(duì)兩個(gè)不同的VCF文件,看看兩個(gè)VCF文件中哪些變異位點(diǎn)是相同的,哪些是不同的。為了尋找解決辦法,于是求救Google,發(fā)現(xiàn)了一篇非常不錯(cuò)的教程。于是今天...
1.箱線圖 Box plots 1.1 語法 geom_boxplot( mapping = NULL, data = NULL, stat = "boxplot", pos...
昨天看了gatk的官網(wǎng),從2018年發(fā)布正式版的4.0.0開始,到現(xiàn)在已經(jīng)更新到4.1.8,在速度和準(zhǔn)確度上都有了大幅的提升。gatk4除了整合picard軟件之外,在使用上...
Cold signaling in plants: Insights into mechanisms and regulation ##Xiao yu Guo ; Dongf...