把read比對到基因組之后，需要提取唯一比對來進行下一步分析。 bowtie2和HISAT2 都沒有只輸出唯一比對的命令，所以需要對比對結果sam文件進行提取，可以通過sam...
發(fā)簡信
IP屬地：湖南
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HISAT2 Bowtie2 提取唯一比對 unique mapping reads
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基于R的線性混合效應模型分析以下只是我自己學習LMM所做的筆記，并不保證完全正確。 基于R的線性混合效應模型(linear mixed effects models)分析 why 為什么要采用線性混合效...
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R包vegan的Mantel testsR包vegan的Mantel tests Mantel tests是確定兩組距離測度矩陣（而非兩組變量矩陣）之間相關性的相關性測試方法，用于判斷一個矩陣中的樣本距離與另一矩陣...
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GATK4 最佳實踐-生殖細胞突變的檢測與識別
歡迎關注"生信修煉手冊"！ GATK4 對于體細胞突變和生殖細胞突變的檢測分別給出了對應的pipeline: Germline SNPs+Indels Somatic SNV...
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你知道如何比較兩個VCF文件嗎？
最近工作中遇到需要比對兩個不同的VCF文件，看看兩個VCF文件中哪些變異位點是相同的，哪些是不同的。為了尋找解決辦法，于是求救Google，發(fā)現(xiàn)了一篇非常不錯的教程。于是今天...
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ggplot2 008 箱線圖及小提琴圖1.箱線圖 Box plots 1.1 語法 geom_boxplot( mapping = NULL, data = NULL, stat = "boxplot", pos...
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種康院士耐冷信號通路
Cold signaling in plants: Insights into mechanisms and regulation ##Xiao yu Guo ; Dongf...
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「基因組注釋」MITE-Hunter鑒別基因組的MITE序列背景篇 MITE屬于II類非自主轉座因子，并且在真核生物中存在大量的拷貝。 MITE長度大約是500bp，并且擴增速度非?？?。2013年一篇發(fā)表在NAR的文章"P-MITE:...
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以水稻為例教你如何使用BSA方法進行遺傳定位（上篇）BSA雖然不是我最早接觸的高通量數(shù)據(jù)分析項目（最早的是RNA-seq），但是卻是我最早獨立開展的數(shù)據(jù)分析項目， 我曾經(jīng)專門寫過一篇文章介紹如何使用SHOREMap做擬南芥的E...
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deepTools 使用指南deepTools 是一套基于python開發(fā)的工具，適用于有效處理分析高通量測序數(shù)據(jù)，可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase-seq。 #1. deepT...
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【數(shù)據(jù)庫】本地KEGG數(shù)據(jù)庫如何拆分子庫？根據(jù)相似性原理，序列相似，功能相似，所有功能注釋無非是用比對工具將輸入序列比對到數(shù)據(jù)庫序列，再將輸入ID對應數(shù)據(jù)庫ID，進一步對應到功能條目的關系。 數(shù)據(jù)庫要么建到本地，要么...
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csvtk——CSV_TSV文本處理萬能工具
寫在前面 能干什么？ 學習任何一個工具或是文章中的一類炫酷圖表時，我覺得首先需要能明白：這個工具/這類圖表能干什么？這個工具/圖的展示方式是最好的么，還有哪些不足之處。然后再...
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linux下安裝blast并創(chuàng)建nt數(shù)據(jù)庫
BLAST 是由美國國立生物技術信息中心（NCBI）開發(fā)的一個基于序列相似性的數(shù)據(jù)庫搜索程序。BLAST是“局部相似性基本查詢工具”(Basic Local Alignmen...
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GOplot 可視化基因富集分析結果GOplot 包通過封裝好的函數(shù)可視化基因功能分析結果。 #1. 安裝 #2. GOplot 內(nèi)置數(shù)據(jù) ##2.1 腦和心臟內(nèi)皮細胞的轉錄組數(shù)據(jù) 來自文章Nolan et a...
