簡言之，進(jìn)化為生命世界及其復(fù)雜性提供了符合邏輯的解釋
發(fā)簡信
IP屬地：湖北
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趨同演化 2025-08-19
The genetic causes of convergent evolution[https://www.nature.com/articles/nrg3483] 要點(diǎn) ...
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譜系速率多樣化BAMM 分析 2025-03-29RevBayes[https://revbayes.github.io/tutorials/divrate/ebd.html]需要進(jìn)一步的研究 使用BAMM估算分化速率[ht...
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ASE（等位基因特異性表達(dá)） —— 完整流程
前段時間，接了老師一個等位基因特異性表達(dá)的任務(wù)，前后再加上其他的分析帶著做，再捋流程，拖拖拉拉也用了小一個月，終于從原始測序數(shù)據(jù)，得到了最終的那張table，具體的內(nèi)容基本已...
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每周文獻(xiàn)|NLR蛋白揭示免疫通路與干旱通路共進(jìn)化當(dāng)下的農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中，每年都會遭受來自生物或非生物脅迫帶來的損失。想要挽回?fù)p失，進(jìn)行作物抗性育種，就迫切需要理解植物對于外界脅迫的響應(yīng)。植物細(xì)胞內(nèi)NLR蛋白是一類識別病原微生物效...
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全基因組水平上NLR pair鑒定
1 NLR pair定義 NLR pair(NLR 功能對)，是在染色體上有著明顯“頭對頭”排列特征，兩個基因協(xié)同調(diào)控免疫反應(yīng)，其中起識別效應(yīng)蛋白作用的基因稱為Sensor，...
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關(guān)于多基因組CRE-orthologues鑒定
對于多基因組CRE鑒定，文獻(xiàn)給予了方法， To identify orthologues of the 52,169 sugar glider candidate cis-r...
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Dfoil - 推斷祖先基因流-2. 在一篇講泥炭蘚的MBE看到了dfoil的使用 《Extensive Genome-Wide Phylogenetic Discordance Is Due to In...
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「基因組」基因組補(bǔ)gap軟件202512
最近看到的一些T2T補(bǔ)gap軟件軟件： softwareDownloadTimeArticleJournalquarTeThttps://github.com/aaranyu...
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統(tǒng)計基因長度的方法
fasta格式是一種基于文本用于表示核酸序列或多肽[https://baike.baidu.com/item/%E5%A4%9A%E8%82%BD/1511295?fromM...
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記錄odgi 用法
odgi 把GFA文件按染色體拆分 odgi 提取PGGB泛基因組子圖 gfabase 提取MC泛基因組子圖 坐標(biāo)系轉(zhuǎn)換 gfa 有路徑信息和Node信息，有時候為了研究需要...
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【基因組——天麻】天麻基因組揭露植物適應(yīng)異養(yǎng)
Mycoheterotrophs（真菌異養(yǎng)型植物）：植物和真菌的共生大概開始于450百萬年前。真菌異養(yǎng)是一種特殊的植物-真菌共生類型，植物從共生真菌獲得固定碳和其他營養(yǎng)物質(zhì)，...
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利用單拷貝直系同源基因蛋白序列做分歧時間樹
if [ -f "./env.sh" ]; then source ./env.sh else echo "env.sh file not in current direct...
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有一個問題，就是orthofinder找到的單拷貝太少了，有木有什么方法把多拷貝種相似度最高的挑選出來作為單拷貝呢
比較基因組學(xué)分析1：構(gòu)建單拷貝基因樹
比較基因組學(xué)分析目錄 1：單拷貝基因構(gòu)建物種樹以及計算分化時間[http://m.itdecent.cn/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴(kuò)張分析[ht...
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根癌農(nóng)桿菌介導(dǎo)轉(zhuǎn)化的原理及應(yīng)用農(nóng)桿菌介導(dǎo)轉(zhuǎn)化技術(shù)是指將目的基因插入到經(jīng)過改造的T-DNA區(qū)，借助農(nóng)桿菌的感染實現(xiàn)外源基因向植物細(xì)胞的轉(zhuǎn)移與整合，然后通過細(xì)胞和組織培養(yǎng)技術(shù)，再生出轉(zhuǎn)基因植株的技術(shù)。 Ti ...
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查看p的基因有沒有突變
1. RNAseq回帖到CDS序列 2. 2代數(shù)據(jù)回帖到基因組序列 將對應(yīng)的cds/rna.bam和gene_genome.fa/gene_genome.bam拖入到geni...