1、cellphoneBD Rstudio 前期準備工作 2、CellPhoneDB python中運行
IP屬地：上海
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@246c59066361 只能用star
teprof2轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)鑒定轉(zhuǎn)座子融合嵌合轉(zhuǎn)錄本
參考資料 轉(zhuǎn)座因子（TE）是豐富的遺傳學資源，其中包含著大量的調(diào)控序列。在TE內(nèi)部存在著潛在的隱性調(diào)控元件，在生理和病理中這些元件可以被表觀遺傳學機制重新激活，從而影響疾病的...
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@你聽得到 R語言代碼自己寫的
繪制scenic的轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡圖
其實我想畫這張圖，是scenic分析后轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)控圖。 出自健明大佬分享的教程 我記得小潔老師講過ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡有類似的圖?；厝フ伊私坛?，看到ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡和這個圖...
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@你聽得到 單細胞Seurat分析細胞間的差異分析
Cytoscape可視化單細胞SCENIC結(jié)果：不同細胞類型上下調(diào)轉(zhuǎn)錄因子網(wǎng)絡圖
運行SCENIC參考文獻[https://mp.weixin.qq.com/s/QRXYjYl3YqoCTkeXBvXEuw]Cytoscape視頻教程[https://mp...
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LightGBM算法 & XGBoost算法對比分析
官方文檔https://lightgbm.readthedocs.io/en/latest/index.html（微軟開源） 參考文檔：機器學習算法之LightGBMhttp...
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單一驗證、k折交叉驗證（特例：留一法（LOOCV））、交叉驗證確定最優(yōu)超參數(shù)一、單一驗證 1、單一訓練集和測試集 最簡單的樣本集劃分就是只有訓練集和測試集，而沒有驗證集，因此無法利用驗證集反過來對模型參數(shù)進行調(diào)整。只能先給定一組超參數(shù)C，然后訓練得到...
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ggplot2的主題設置
ggplot2畫圖的時候有幾個默認主題，畫圖的時候我們可以自己挑選一個喜歡的內(nèi)置主題，也可以自己設置。其中內(nèi)置主題有以下幾個，我們用iris數(shù)據(jù)集看一下效果： theme_b...
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細胞通訊-iTALK使用方法作者：ahworld鏈接：細胞通訊-iTALK使用方法來源：微信公眾號-seqyuan著作權(quán)歸作者所有，任何形式的轉(zhuǎn)載都請聯(lián)系作者。 什么是細胞通訊？ 多細胞生物由不同類型的...
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Cytoscape可視化單細胞SCENIC結(jié)果：不同細胞類型上下調(diào)轉(zhuǎn)錄因子網(wǎng)絡圖運行SCENIC參考文獻[https://mp.weixin.qq.com/s/QRXYjYl3YqoCTkeXBvXEuw]Cytoscape視頻教程[https://mp...
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單細胞差異基因EnrichmentMap使用教程參考文獻[https://www.nature.com/articles/s41596-018-0103-9]EnrichmentMap分析有助于研究人員獲得從基因組規(guī)模產(chǎn)生...
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用R畫Circular barplot圖（環(huán)狀柱形圖）參考文章：可視化之circular barplot 之前利用WGCNA分析得到了一組感興趣的基因（WGCNA學習筆記），然后又用cytoscape軟件得到一個表，里面有每一個...
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【Cytoscape網(wǎng)絡圖繪制】摸索入門篇這個軟件就是為了繪制網(wǎng)絡關系圖，圈圖等等酷炫的圖片，例如這樣： Cytoscape官網(wǎng) 一、配置環(huán)境和安裝 安裝Java 11 Java 11下載地址 無腦點擊安裝，我這里手...
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scRNA-Seq | 單細胞功能注釋和富集分析(GO、KEGG、GSEA)一、多個亞群各自marker基因聯(lián)合進行GO以及KEGG分析 在前面幾節(jié)我們已經(jīng)知道各個細胞亞群的 marker 基因，接下來我們對這些marker基因進行功能注釋和富集分析...
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nature級別圖表：一個注釋氣泡熱圖函數(shù)（適用于單細胞及普通數(shù)據(jù)）之前我們寫過一個函數(shù)，主要是展示單細胞比例圖（nature級別圖表：單細胞轉(zhuǎn)錄組細胞比例統(tǒng)計可視化函數(shù)[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg...
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teprof2轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)鑒定轉(zhuǎn)座子融合嵌合轉(zhuǎn)錄本參考資料 轉(zhuǎn)座因子（TE）是豐富的遺傳學資源，其中包含著大量的調(diào)控序列。在TE內(nèi)部存在著潛在的隱性調(diào)控元件，在生理和病理中這些元件可以被表觀遺傳學機制重新激活，從而影響疾病的...
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samtools view 使用小結(jié)整理高通量測序中使用的軟件。 samtools是常用的對sam/bam文件操作的工具，其中samtools view命令可以實現(xiàn)查看序列、sam-bam文件轉(zhuǎn)換、過濾序列等功...
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Chrome瀏覽器插件的寫法
1. 什么是Chrome插件 Chrome插件是一個用Web技術開發(fā)、用來增強瀏覽器功能的軟件，它其實就是一個由HTML、CSS、JS、圖片等資源組成的一個.crx[http...
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PePr識別組蛋白修飾ChIP-seq差異峰+bed文件注釋
PePr相關內(nèi)容: 文章連接:NCBI - WWW Error Blocked Diagnostic[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/2489...
