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基因組相似性計(jì)算：ANI在比較基因組分析中，我們經(jīng)常需要分析不同基因組之間的進(jìn)化關(guān)系，例如我們可以使用標(biāo)記蛋白來(lái)構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。為了進(jìn)行定量的比較，我們還可以計(jì)算不同基因組之間的相似性或者進(jìn)化距離，...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：廣東
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Q：功能基因組學(xué)？功能基因組學(xué)（Functional genomics）是對(duì)基因組中基因與基因間區(qū)域如何參與不同生物學(xué)過(guò)程的研究。在實(shí)際過(guò)程中，我們經(jīng)常從“全基因組”角度（即包含所有或多個(gè)基因...
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基因組CRISPR序列及Cas酶預(yù)測(cè)原文鏈接：基因組CRISPR序列及Cas酶預(yù)測(cè)[https://mp.weixin.qq.com/s/ayOydVsG44Fdl41Uyuja4w] 01CRISPR簡(jiǎn)介 C...
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檢查下輸入文件有沒(méi)有問(wèn)題
基因組相似性計(jì)算：ANI
在比較基因組分析中，我們經(jīng)常需要分析不同基因組之間的進(jìn)化關(guān)系，例如我們可以使用標(biāo)記蛋白來(lái)構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。為了進(jìn)行定量的比較，我們還可以計(jì)算不同基因組之間的相似性或者進(jìn)化距離，...
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不客氣??
你知道如何聚類(lèi)嗎？層次聚類(lèi)與聚類(lèi)樹(shù)
原文鏈接（可關(guān)注公眾號(hào)微生態(tài)與微進(jìn)化索取示例數(shù)據(jù)）： 層次聚類(lèi)與聚類(lèi)樹(shù) 比較聚類(lèi)：我該劃分多少個(gè)聚類(lèi)簇？ 聚類(lèi)分析 在生態(tài)學(xué)研究當(dāng)中，有些環(huán)境中的對(duì)象是連續(xù)（或者離散）的，而...
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Iqtree2：新模型高效構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)
系統(tǒng)發(fā)育推斷（phylogenetic inference）的算法五花八門(mén)，從最簡(jiǎn)單的UPGMA法，到鄰接法（neighbor joining）、最大簡(jiǎn)約法（maximum ...
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關(guān)于生物進(jìn)化，研究者們存在哪些分歧？
關(guān)于生物進(jìn)化目前最大的爭(zhēng)議是什么？ 原文鏈接：關(guān)于生物進(jìn)化，研究者們存在哪些分歧？ 距離達(dá)爾文《物種起源》一書(shū)問(wèn)世已經(jīng)160多年了，然而毫無(wú)疑問(wèn)的是，生物進(jìn)化仍是有待解決的最...
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基因組相似性計(jì)算：ANI
在比較基因組分析中，我們經(jīng)常需要分析不同基因組之間的進(jìn)化關(guān)系，例如我們可以使用標(biāo)記蛋白來(lái)構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。為了進(jìn)行定量的比較，我們還可以計(jì)算不同基因組之間的相似性或者進(jìn)化距離，...
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組間差異分析：Metastats
文章來(lái)自公眾號(hào)：微生態(tài)與微進(jìn)化 Anosim、Adonis、MRPP等基于群落的組間差異分析可以快速的對(duì)分組的有效性進(jìn)行評(píng)估。然而，有時(shí)候我們還想進(jìn)一步知道不同區(qū)組的微生物群...
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神秘的細(xì)菌基因組：GC skew
科學(xué)就是整理事實(shí)，以便從中得出普遍的規(guī)律和結(jié)論。from 達(dá)爾文 原文鏈接： 每當(dāng)我們拼接出一個(gè)完整的細(xì)菌基因組時(shí)，總是迫不及待地畫(huà)出它的圖譜，一個(gè)常見(jiàn)的細(xì)菌基因組圖譜如下所...
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微生物群落展示：要酷酷的云字體！原文：微生物群落展示：要酷酷的云字體！ 每當(dāng)你需要展示微生物的群落結(jié)構(gòu) 你是不是已經(jīng)厭倦了 無(wú)休止的條形圖和熱圖 想不想要更大膽前衛(wèi)的展示方式？ 沒(méi)錯(cuò)，它就是云字體！ 云字體...
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組間差異分析：Anosim無(wú)論是野外環(huán)境樣品，還是室內(nèi)試驗(yàn)樣品，一般我們都會(huì)設(shè)置樣方或平行樣來(lái)增強(qiáng)分析的準(zhǔn)確性，必要時(shí)還會(huì)進(jìn)行區(qū)組設(shè)計(jì)，因此在數(shù)據(jù)分析中需要進(jìn)行組間差異的比較判別。然而對(duì)于微生物群落數(shù)...
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好書(shū)推薦——病毒宏基因組學(xué)：方法和指南
目前爆發(fā)的新冠狀病毒再次讓人們意識(shí)到了病毒的重要性。病毒不僅可以使包括人在內(nèi)的動(dòng)植物致病，也對(duì)生態(tài)與進(jìn)化有著重要的作用，然而目前人們對(duì)其卻所知甚少，甚至不能構(gòu)造出完整、合理的...
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你知道如何聚類(lèi)嗎？層次聚類(lèi)與聚類(lèi)樹(shù)原文鏈接（可關(guān)注公眾號(hào)微生態(tài)與微進(jìn)化索取示例數(shù)據(jù)）： 層次聚類(lèi)與聚類(lèi)樹(shù) 比較聚類(lèi)：我該劃分多少個(gè)聚類(lèi)簇？ 聚類(lèi)分析 在生態(tài)學(xué)研究當(dāng)中，有些環(huán)境中的對(duì)象是連續(xù)（或者離散）的，而...
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心有明月，諸事無(wú)悔。愿執(zhí)螢火，仰望星空。已轉(zhuǎn)生活號(hào)。
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數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化方法：該如何選擇？原文鏈接： 數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化方法：該如何選擇？ 什么是數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化？ 在微生物組學(xué)數(shù)據(jù)分析之前，我們常常需要根據(jù)數(shù)據(jù)量綱的不同以及分析方法的需要對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行各種預(yù)處理，也即數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化。...
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