相信很多專題應(yīng)該已經(jīng)講過(guò)SCENIC的使用，這兒，針對(duì)我自己對(duì)SCENIC的學(xué)習(xí)使用，遇到的問(wèn)題做一個(gè)詳細(xì)的講解說(shuō)明，希望能對(duì)大家理解學(xué)習(xí)應(yīng)用SCENIC起到一些幫助。 SC...
發(fā)簡(jiǎn)信
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析工具（TF，motifs）-SCENIC -
2019-08-28第七天：關(guān)于SCENIC的使用教程
文章來(lái)源：scenic: single-cell regulatory network inference and clustering github 一、軟件安裝 安裝教程...
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seurat-ScaleData()源碼解析一、ScaleData()簡(jiǎn)介 單細(xì)胞基因表達(dá)counts矩陣數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)NormalizeData()歸一化處理后，還需要進(jìn)行scale標(biāo)準(zhǔn)化。ScaleData()[http...
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文獻(xiàn)學(xué)習(xí)027--[sc]組織環(huán)境對(duì)中性粒細(xì)胞命運(yùn)的共同決定作用最近對(duì)中性粒細(xì)胞感興趣，就多讀了幾篇文章。分享的這一篇是20年的cell。 HighlightsNeutrophils have variable lifetimes in ...
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文獻(xiàn)學(xué)習(xí)018--[sc]單細(xì)胞測(cè)序鑒定出特殊炎性巨噬細(xì)胞亞群可作為減輕急性腎臟損傷的治療靶點(diǎn)今年剛發(fā)在Advanced Science上的文章，影響因子16.806。 1. Mononuclear Phagocyte Atlas at Single-Cell Res...
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我也發(fā)現(xiàn)了這個(gè)問(wèn)題，給你點(diǎn)贊
Seurat::DoHeatmap 的謎之報(bào)錯(cuò)
Seurat::DoHeatmap 的謎之報(bào)錯(cuò) 最近在學(xué)習(xí)Seurat教程（Seurat版本3.0.2），發(fā)現(xiàn)運(yùn)行到倒數(shù)第二步做熱圖展示marker genes時(shí)總是報(bào)錯(cuò) 主...
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Seurat::DoHeatmap 的謎之報(bào)錯(cuò)Seurat::DoHeatmap 的謎之報(bào)錯(cuò) 最近在學(xué)習(xí)Seurat教程（Seurat版本3.0.2），發(fā)現(xiàn)運(yùn)行到倒數(shù)第二步做熱圖展示marker genes時(shí)總是報(bào)錯(cuò) 主...
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2021-06-23 3-5分 不需要實(shí)驗(yàn)的生信期刊（中科院預(yù)警的已經(jīng)排除）
大多數(shù)人應(yīng)該不是中科院預(yù)警就行，部分期刊可能是吉大一院預(yù)警。 bmc cancer, Cancer Medicine, Frontiers in Genetics, INTE...
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那你說(shuō)個(gè)屁
不做生信、不做meta，零科研經(jīng)費(fèi)就能輕松發(fā)6.6分SCI
臨床醫(yī)生發(fā)SCI的方法有很多種，有科研經(jīng)費(fèi)的可以做實(shí)驗(yàn)，沒(méi)有科研經(jīng)費(fèi)的可以做純生信數(shù)據(jù)挖掘、meta分析、病例報(bào)告等等?，F(xiàn)在還有一種不用任何科研經(jīng)費(fèi)就可以發(fā)SCI的方法，那就...
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基因ID轉(zhuǎn)換方法總結(jié)1. clusterProfiler包，bitr()轉(zhuǎn)換ID函數(shù) clusterProfiler 是Y叔寫的一個(gè)功能強(qiáng)大的R包，可以用來(lái)做各種富集分析，如GO、KEGG、DO...
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meta分析/系統(tǒng)評(píng)價(jià)中單臂研究的偏倚風(fēng)險(xiǎn)評(píng)價(jià)單臂研究（single arm study）：即單組臨床試驗(yàn)，顧名思義，就是僅有一個(gè)組的研究，沒(méi)有為試驗(yàn)組設(shè)計(jì)相對(duì)應(yīng)的對(duì)照。部分文章取名為病例系列研究（case series...
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CRISPR、CRISPR screen以及與單細(xì)胞測(cè)序的結(jié)合CRISPR 首先來(lái)介紹一些CRISPR，它首先在大腸桿菌中發(fā)現(xiàn)，全稱為：Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic ...
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scRNAseq || 堆疊小提琴圖(StackedVlnPlot)的4種實(shí)現(xiàn)方式??最近一直在學(xué)習(xí)單細(xì)胞方面的知識(shí)，無(wú)意中看到別人的帖子在分享如何畫堆疊的小提琴圖(StackedVlnPlot)，順便就學(xué)習(xí)了一下。發(fā)現(xiàn)StackedVlnPlot圖確實(shí)看...
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為什么我的rds@meta.data$stim是NULL呢
單細(xì)胞亞群鑒定知多少（二）
作者：堯小飛審稿：童蒙編輯：angelica 引言 上一期我們?cè)敿?xì)介紹了幾種細(xì)胞marker基因的獲取方法，為細(xì)胞亞群鑒定打好了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。在這里我們接著看如何進(jìn)行單細(xì)胞亞群...
