Step1：鏈特異性比對并組裝轉(zhuǎn)錄本 用HISAT2對每個樣本進行鏈特異性比對，隨后利用StringTie對每個樣本的轉(zhuǎn)錄本進行單獨組裝 Step2：過濾lncRNA 將所有...
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## lncRNA分析完全指北
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六、GEO差異基因功能注釋之KEGG和GO一、ENTREZID轉(zhuǎn)換 進行功能注釋，首先需要對差異基因deg數(shù)據(jù)集進行ENTREZID轉(zhuǎn)換 二、輸入數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 接下來拿出up基因和down基因的ENTREZID，組成di...
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生信小白教程之Count轉(zhuǎn)TPM，F(xiàn)PKM相信很多科研工作者（不包括比我厲害的大佬們）在做轉(zhuǎn)錄組時，都是在公司做測序，然后數(shù)據(jù)也交給公司分析，又然后，期待做個差異分析，得出像下圖那么完美的熱圖。 然而，然而，，我們得...
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轉(zhuǎn)錄組分析5——差異表達分析差異表達分析內(nèi)容：? 基因表達量的標(biāo)準(zhǔn)化方法及可視化? counts，RPKM，F(xiàn)PKM，TPM? PCA圖、熱圖等? 差異表達分析及可視化? limma-voom，edge...
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R語言學(xué)習(xí)筆記之熱圖繪制TaoYan 簡介 本文將繪制靜態(tài)與交互式熱圖，需要使用到以下R包和函數(shù)：heatmap():用于繪制簡單熱圖的函數(shù)heatmap.2():繪制增強熱圖的函數(shù)d3heatma...
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基因ID轉(zhuǎn)換及富集分析 | org.Hs.eg.db clusterProfiler僅針對人類而言。雖然一直對GO和KEGG不感冒，但流程化的分析還是要做的。主要包括兩部分： 將基因編號轉(zhuǎn)為ENTREZID(具有唯一性）：基因編號來自ANNOVAR的注釋結(jié)果...
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R語言：clusterProfiler進行GO富集分析和Gene_ID轉(zhuǎn)換
一、讀取文件，ID轉(zhuǎn)換 1.讀取文件 2.ID轉(zhuǎn)換，ENTREZID是進行GO分析最好的ID類型（針對clusterProfiler） ID轉(zhuǎn)換用到的是bitr()函數(shù)，bi...
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【R語言學(xué)習(xí)】安裝org.Hs.eg.db包及更新R版本
使用install.packages("org.Hs.eg.db") 后 ,顯示： 解決方案： 1.安裝Bioconductor： 2.使用Bioconductor安裝org...
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轉(zhuǎn)錄組不求人系列(十三): GO、KEGG富集個性化作圖
當(dāng)富集分析完成，拿到如下的分析結(jié)果后，就可以進行作圖了。 富集分析結(jié)果的可視化無非就是柱狀圖和氣泡圖，但是公司默認(rèn)出圖實在是太丑，所以還是自己動手修改修改。 一、常規(guī)柱狀圖（...
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手把手教你做GO功能富集可視化圖最近有同學(xué)私聊我能不能出一期GO功能富作圖并且提出要求 要非常簡單 小白一看就會的那種 那么如何對這些基因進行功能富集呢？應(yīng)要求必須為簡單的~ 那就用在線工具富集 這里...
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14.GO富集分析R語言代碼及5種圖的繪制一、舉例回顧 本節(jié)使用GSE1009數(shù)據(jù)集，已經(jīng)用limma包對數(shù)據(jù)集中的樣本進行差異分析，現(xiàn)對差異基因(DEGs)做GO富集分析。 GSE1009數(shù)據(jù)集介紹： 樣本量：共6...
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【R語言】DAVID KEGG富集分析結(jié)果可視化小編前面也用了好幾期的內(nèi)容來給大家分享如何零代碼做GO和KEGG富集分析，主要用到的是DAVID這個網(wǎng)頁工具，并且零代碼展示GO和KEGG富集分析的結(jié)果，主要用到的是Exce...
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DAVID數(shù)據(jù)庫簡介及使用說明很高興今天給大家介紹DAVID數(shù)據(jù)庫，因為DAVID不僅是個生物數(shù)據(jù)庫，也是一款在線分析軟件?？梢杂脕碜龌虻牟町惙治?，也可用于通路的富集。他可以將輸入列表中的基因，關(guān)聯(lián)到生...
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Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) : 'row.names'的長度不對作為生信菜鳥，某天運行代碼，出現(xiàn)如下錯誤： 運行如圖代碼出現(xiàn)錯誤。明明跟著老師來，為啥會出錯呢？百度： 有個解答如下：R語言&Python GEO DataSets多個Ser...
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轉(zhuǎn)錄組分析之DESeq2包參考教程：https://4va.github.io/biodatasci/r-rnaseq-airway.html#data_needed 數(shù)據(jù)來源 Himes et al...
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R 數(shù)據(jù)可視化 —— 韋恩圖前言 對于數(shù)據(jù)集之間交疊關(guān)系的可視化，通常想到的是繪制韋恩圖。 韋恩圖是一種關(guān)系型圖表，通過圖形之間的重疊來反映數(shù)據(jù)集之間的相交關(guān)系。 下面，我們來簡單介紹一下如何繪制韋恩圖...
個人介紹
在這還未如愿見著不朽的年紀(jì)里，不老去，也不厭倦。
個人微信公眾號：米厘集 ID：miliji2017
轉(zhuǎn)載務(wù)必聯(lián)系到本人哦～
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