KEGG通路數(shù)據(jù)庫將通路分成了7個大類，即代謝、遺傳信息處理、環(huán)境信息處理、細胞過程、有機體系統(tǒng)、人類疾病、藥物開發(fā)。見下圖： [圖片上傳中...(image-45c15f-...
發(fā)簡信
IP屬地：湖北
-
資料分享:KEGG通路分類表 附下載地址 -
CheckM2終于更新了文章標題：CheckM2: a rapid, scalable and accurate tool for assessing microbial genome qualit...
-
-
利用python自NCBI下載fasta和genbank文件
第一部分 自習(xí)室網(wǎng)絡(luò)出奇的差，有時想打開NCBI網(wǎng)頁下載文件時會一直在那里轉(zhuǎn)圈圈，本來很簡單的一件事有時卻要浪費好長時間；恰好最近在學(xué)習(xí) Bioinformatics wit...
-
12-【ncbi-genome-download】的安裝和使用
安裝時間：2021.2.19 1. 簡介 ncbi-genome-download是一個可以直接從NCBI上批量下載序列的軟件，支持下載多種格式。 2. 安裝 利用conda...
-
NCBI中編號/編碼說明
【NCBI編號】NCBI中編號/編碼說明 在日常分析中，我們在NCBI數(shù)據(jù)中常常見到AC、NC、NM、NR、NP、NG等各類編號，這類編號分別代表著怎樣的含義？我們該如何根據(jù)...
-
學(xué)習(xí)筆記目錄開個帖子整理一下自己的生信學(xué)習(xí)筆記目錄，方便日后查看：最近更新：2022.07.03 bulk RNA-seq: 實戰(zhàn)系列: RNA-seq入門實戰(zhàn)（零）：RNA-seq流程...
-
Day 11 充分理解GSVA和GSEA單個基因集的GSEA分析 http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb/index.jsp GSEA官網(wǎng)列出關(guān)于msigdb基...
-
2021-07-02 clusterProfiler分析GSEAGSEA（Gene Set EnrichmentAnalysis），即基因集富集分析，無需設(shè)定閾值來區(qū)分上調(diào)下調(diào)基因，使用所有的基因進行分析。 GSEA分析只需要兩列信息，基...
-
用clusterProfiler進行GSEA分析
****今天來關(guān)注如何使用clusterProfiler系列包來分析GSEA** 導(dǎo)入包，導(dǎo)入數(shù)據(jù) 今天比昨天多導(dǎo)入了一個ReactomePA包，這個包也是Y叔開發(fā)用來分析R...
-
單細胞轉(zhuǎn)錄組功能分析（超詳細clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）單細胞分析不可避免的會涉及到鑒定不同細胞類型的功能或比較相同類型在不同狀態(tài)下的功能差異，因此，功能分析在單細胞分析中相當重要. 功能分析的方法很多，這兒我們主要講述3種功能分...
-
R語言分析7：GSEA分析（Gene Set Enrichment Analysis）定義：GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）是一種基于基因集的富集分析方法， 用來評估一個預(yù)先定義的基因集的基因在與表型相關(guān)度排序的基因表中的分...
-
R做GSEA富集分析首先感謝Y叔的clusterprofiler神包，做富集分析優(yōu)點是在線爬取數(shù)據(jù)，結(jié)果很可信，但是缺點也是網(wǎng)絡(luò)問題，網(wǎng)絡(luò)差點就要等很久，不過GSEA有自帶GMT文件，因此下載好...
-
DESeq2差異分析十全大補使用筆記寫在前面：新手老菜鳥，個人心得，不足之處歡迎交流指正；寫作不易，轉(zhuǎn)載前請聯(lián)系我征得同意，謝謝。 1.基本原理 1.1 概述 全稱：DESeq2 package for dif...
