KEGG通路數(shù)據(jù)庫(kù)將通路分成了7個(gè)大類(lèi)，即代謝、遺傳信息處理、環(huán)境信息處理、細(xì)胞過(guò)程、有機(jī)體系統(tǒng)、人類(lèi)疾病、藥物開(kāi)發(fā)。見(jiàn)下圖： [圖片上傳中...(image-45c15f-...
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資料分享:KEGG通路分類(lèi)表 附下載地址 -
CheckM2終于更新了文章標(biāo)題：CheckM2: a rapid, scalable and accurate tool for assessing microbial genome qualit...
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利用python自NCBI下載fasta和genbank文件
第一部分 自習(xí)室網(wǎng)絡(luò)出奇的差，有時(shí)想打開(kāi)NCBI網(wǎng)頁(yè)下載文件時(shí)會(huì)一直在那里轉(zhuǎn)圈圈，本來(lái)很簡(jiǎn)單的一件事有時(shí)卻要浪費(fèi)好長(zhǎng)時(shí)間；恰好最近在學(xué)習(xí) Bioinformatics wit...
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12-【ncbi-genome-download】的安裝和使用
安裝時(shí)間：2021.2.19 1. 簡(jiǎn)介 ncbi-genome-download是一個(gè)可以直接從NCBI上批量下載序列的軟件，支持下載多種格式。 2. 安裝 利用conda...
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NCBI中編號(hào)/編碼說(shuō)明
【NCBI編號(hào)】NCBI中編號(hào)/編碼說(shuō)明 在日常分析中，我們?cè)贜CBI數(shù)據(jù)中常常見(jiàn)到AC、NC、NM、NR、NP、NG等各類(lèi)編號(hào)，這類(lèi)編號(hào)分別代表著怎樣的含義？我們?cè)撊绾胃鶕?jù)...
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學(xué)習(xí)筆記目錄開(kāi)個(gè)帖子整理一下自己的生信學(xué)習(xí)筆記目錄，方便日后查看：最近更新：2022.07.03 bulk RNA-seq: 實(shí)戰(zhàn)系列: RNA-seq入門(mén)實(shí)戰(zhàn)（零）：RNA-seq流程...
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Day 11 充分理解GSVA和GSEA單個(gè)基因集的GSEA分析 http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb/index.jsp GSEA官網(wǎng)列出關(guān)于msigdb基...
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2021-07-02 clusterProfiler分析GSEAGSEA（Gene Set EnrichmentAnalysis），即基因集富集分析，無(wú)需設(shè)定閾值來(lái)區(qū)分上調(diào)下調(diào)基因，使用所有的基因進(jìn)行分析。 GSEA分析只需要兩列信息，基...
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用clusterProfiler進(jìn)行GSEA分析
****今天來(lái)關(guān)注如何使用clusterProfiler系列包來(lái)分析GSEA** 導(dǎo)入包，導(dǎo)入數(shù)據(jù) 今天比昨天多導(dǎo)入了一個(gè)ReactomePA包，這個(gè)包也是Y叔開(kāi)發(fā)用來(lái)分析R...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組功能分析（超詳細(xì)clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）單細(xì)胞分析不可避免的會(huì)涉及到鑒定不同細(xì)胞類(lèi)型的功能或比較相同類(lèi)型在不同狀態(tài)下的功能差異，因此，功能分析在單細(xì)胞分析中相當(dāng)重要. 功能分析的方法很多，這兒我們主要講述3種功能分...
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R語(yǔ)言分析7：GSEA分析（Gene Set Enrichment Analysis）定義：GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）是一種基于基因集的富集分析方法， 用來(lái)評(píng)估一個(gè)預(yù)先定義的基因集的基因在與表型相關(guān)度排序的基因表中的分...
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R做GSEA富集分析首先感謝Y叔的clusterprofiler神包，做富集分析優(yōu)點(diǎn)是在線(xiàn)爬取數(shù)據(jù)，結(jié)果很可信，但是缺點(diǎn)也是網(wǎng)絡(luò)問(wèn)題，網(wǎng)絡(luò)差點(diǎn)就要等很久，不過(guò)GSEA有自帶GMT文件，因此下載好...
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DESeq2差異分析十全大補(bǔ)使用筆記寫(xiě)在前面：新手老菜鳥(niǎo)，個(gè)人心得，不足之處歡迎交流指正；寫(xiě)作不易，轉(zhuǎn)載前請(qǐng)聯(lián)系我征得同意，謝謝。 1.基本原理 1.1 概述 全稱(chēng)：DESeq2 package for dif...
