適用背景 之前寫了一篇文章介紹四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析[http://m.itdecent.cn/p/71ed43163ce1]，但生成的結(jié)果沒有進(jìn)行可視化，...
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SCENIC/pySCENIC結(jié)果可視化 2022-11-08 -
Mac安裝pySCENIC和簡單測試
最近有一個(gè)分析任務(wù)，需要做轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析，需要安裝pySCENIC這個(gè)工具，頗費(fèi)周折，下面是我的成功安裝記錄，直接拿去實(shí)踐。 1.系統(tǒng)環(huán)境 # system Darwi...
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安裝pySCENIC報(bào)錯(cuò)安裝pySCENIC報(bào)錯(cuò)：AttributeError: module 'numpy' has no attribute 'object'. 剛開始安裝pySCENIC的代碼...
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三種空間組學(xué)數(shù)據(jù)類型的讀取你是否為各種各樣的空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)類型而眼花繚亂？你是否想要復(fù)現(xiàn)文章中的分析而倒在了數(shù)據(jù)讀入？你是否希望學(xué)習(xí)空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析卻又無從下手？今天，我們就和大家一起來學(xué)習(xí)多種類型...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析之Pandohello，又是新的一周，我們又要開始分享一些前言的內(nèi)容了，大家一定要與時(shí)俱進(jìn)，不要裹足不前。 今天的內(nèi)容是分析單細(xì)胞或者空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析,這個(gè)方法需要用到scR...
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10X單細(xì)胞空間聯(lián)合分析之cell2location的詳細(xì)梳理又是周五，馬上元旦，不知道大家打算怎么跨年呢？但是，今天還是工作日，我們還是要學(xué)習(xí)學(xué)習(xí)，不負(fù)韶華。 這一篇還是想詳細(xì)梳理一下cell2location，包括算法以及代碼的寫法...
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一個(gè)人最寶貴的東西是什么？
午夜時(shí)分，剛忙完工作，就最近發(fā)生的在自己身上的事情，來寫寫文字，記錄一下自己的感受和思考，發(fā)到網(wǎng)上也是為了和廣大網(wǎng)友交流、學(xué)習(xí)，共同進(jìn)步。 就是去年十月份的時(shí)候，我所在的公司...
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一覺醒來生信工程師的天塌了大家好，沉寂很久，我又回來了。當(dāng)前的人工智能（Artificial Intelligence，AI）大浪潮洶涌澎湃，AI大語言模型質(zhì)的突破，加速了人類實(shí)現(xiàn)通用AI和強(qiáng)AI的進(jìn)...
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Seurat: 修改 active.ident
1. Seurat 自帶方法 Idents(Seurat_object) <- "Column_name_in_metadata" 2. 自己寫的方法
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單細(xì)胞分析實(shí)錄(12): 如何推斷腫瘤細(xì)胞
公眾號后臺回復(fù)20210418，獲取本文的測試數(shù)據(jù) 1. 回顧 前面我已經(jīng)講解了inferCNV的基本用法[http://m.itdecent.cn/p/c01f56b...
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Seurat包之導(dǎo)入單細(xì)胞數(shù)據(jù)方式匯總挖掘公共單細(xì)胞數(shù)據(jù)集時(shí)，會(huì)遇到常見各種單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)格式?，F(xiàn)總結(jié)如下，方便自己日后調(diào)用，以創(chuàng)建Seurat對象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
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SeuratData內(nèi)置數(shù)據(jù)集的安裝使用
SeuratData SeuratData是一種使用R的內(nèi)部軟件包和數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)以Seurat對象形式分發(fā)數(shù)據(jù)集的機(jī)制。它為用戶提供了一種訪問Seurat小插曲中使用的數(shù)據(jù)集...
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mouse和human的rRNA參考序列數(shù)據(jù)庫
1. ##從rfam下載所有的序列## wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Rfam/12.0/fasta_files/* cat ...
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Rfam的安裝和使用Rfam是用來鑒定非編碼RNA的數(shù)據(jù)庫，常用于注釋新的核酸序列或基因組序列。 最新版本的Rfam14.4，已經(jīng)包含了3941個(gè)家族。 Rfam官方網(wǎng)址：https://rfa...
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R語言接受命令行參數(shù)的三種方式
R語言接受命令行參數(shù)的三種方式 最近要用一下R的命令行，但是發(fā)現(xiàn)命令行參數(shù)不是很友好，就總結(jié)了一下目前常用的R的命令行參數(shù)的接受方法。 平常我們使用R語言的時(shí)候常常都是在交互...
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Seurat取子集時(shí)會(huì)用到的函數(shù)和方法在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中，在確定細(xì)胞類型后，除了可以進(jìn)行差異表達(dá)基因分析外，還可以針對單個(gè)細(xì)胞類型進(jìn)行分析特定分析，這時(shí)就需要我們提取細(xì)胞子集分開處理了。 一、Seurat數(shù)據(jù)格式...
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scRNA-Seq | 單細(xì)胞亞群合并與提取本文涉及：亞群合并，亞群提取，亞群細(xì)分，亞群抽樣 一般來講，不同亞群的細(xì)胞具有不同的功能，因此亞群分析對于研究十分重要，會(huì)影響后續(xù)分析結(jié)果。 進(jìn)行細(xì)胞亞群的分群的依據(jù)： 細(xì)胞...
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Linux下的并行神器——parallel
GNU Parallel是一個(gè)shell工具，為了在一臺或多臺計(jì)算機(jī)上并行的執(zhí)行計(jì)算任務(wù)。本文簡要介紹GNU Parallel的使用。 1、parallel 用法簡介 1.1...
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植物基因組學(xué)-專屬于小麥的測序數(shù)據(jù)庫IWGSC今天將為大家介紹小麥的特有的生物學(xué)網(wǎng)站，該數(shù)據(jù)庫是由國際小麥基因組測序聯(lián)盟(International Wheat Genome Sequencing Consortium,...